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Mesmo mergulhado em suas múltiplas atividades, Miguel Pereira sempre dava provas do amor que dedicava à Medicina, tanto que logo foi indicado para o Sodalício da Academia, cargo que ocupou com galhardia e competência entre os anos de 1909 e 1911.

O simples trabalho como médico em consultórios e as decisões que devia tomar em um posto burocrático não concretizavam, todavia, as ambições daquele jovem e inquieto doutor. Havia em suas entranhas uma crepitante força de solidariedade. Ele se educara basicamente para ser professor, e seu espírito afetivo o impelia a passar aos seus semelhantes tudo aquilo que já aprendera na vida. Sua alma desprendida e atenciosa jamais poderia preservar, unicamente para si, os conhecimentos que adquirira, caracterizando aquilo que Miguel Pereira dizia ser um exercício de puro egoísmo. Viver é aprender e ensinar sempre, e por essas razões o jovem médico voltou-se de corpo e alma para o magistério.

Segundo relatos de muitos colegas e professores que com ele militavam, o jovem e despojado médico tinha no sangue a fibra inata e inigualável de um grande mestre, tanto que o professor Miguel Ozório de Almeida afirmou certa vez a seu respeito que "(...) Miguel Pereira educou-se para ser professor. Suas faculdades se apuram neste sentido e ele pode chegar a um alto grau de perfeição, só comparável com o completo domínio sobre sua própria atividade intelectual."

Miguel Ozório também garantia:

"A atuação marcante de Miguel Pereira foi realmente no ensino, tendo iniciado esta atividade depois de sua diplomação, quando o professor Francisco de Castro ? O Divino Mestre ? convidou-o, em 1898, para ser assistente na Clínica Propedêutica. O contato e a convivência entre esses dois maiores expoentes da medicina brasileira só foram interrompidos com a morte prematura de Francisco de Castro, em 11 de outubro de 1901, cujo desenlace causou a Miguel Pereira profundo abalo, pois ele era considerado pelo Divino Mestre como um verdadeiro filho (...)"

No dia 4 de outubro de 1907, Miguel Pereira foi nomeado, depois de acirrado concurso, como Professor Substituto da 6ª Seção de Clínica Médica, ocasião por ele aproveitada para pronunciar na  Academia um vibrante discurso em defesa da melhoria do ensino de Medicina no Brasil. Na realidade, a vaga fora conseguida com imensa dificuldade, pois ele a conquistara derrotando Aloísio de Castro, Antônio Austragésilo e Rubião Meira, competidores que representavam na época a nata da cultura médica do país, fato que, obviamente, aumentou ainda mais suas responsabilidades profissionais e o consagrou como exímio professor.

Em 1908, recebeu, com grande júbilo, a indicação para ocupar a Cadeira de Patologia Médica. Seus feitos profissionais sucediam-se celeremente, e já em 1909 a Congregação da Faculdade indicava-o para reger a 1ª Cadeira de Clínica Médica, cátedra em que permaneceu até o dia de sua morte.

Ainda de acordo com Miguel Ozório de Almeida

"(...) suas aulas são consideradas magistrais. Sua palavra é clara, sonora, precisa, suave e douta. Ensinava o essencial, com a introdução de novos meios semióticos e terapêuticos. Sabia preparar o profissional para a vida prática e sua bondade era um dos atributos realçados pelos seus discípulos."

Também a respeito de suas aulas, seu antigo aluno, o professor A. de Almeida Prado, escreveu com grande conhecimento de causa:

Miguel Pereira foi o professor, o expositor incomparável, cujo renome atulhava os auditórios, embevecidos com a precisão vocabular, com a segurança do seu exame clínico e com os sortilégios de sua sedução pessoal "(...)as suas qualidades foram, sem dúvida, as de professor. À facilidade extrema de expressão aliava dotes de rigor científico absoluto e a sagacidade mental das verdadeiras vocações clínicas."

Em relação ao mestre, disse o Dr. Xavier Pedrosa, seu biógrafo e um dos seus mais fiéis alunos:

"Quem lhe ouviu o timbre de voz, agradável e envolvente, não mais o esqueceu, nem o tempo em sua marcha inexorável pode apagar dos nossos ouvidos aquela ressonância longínqua, só comparável a esses rastros de luz provenientes de astros que já se extinguiram há milênios e cuja luz ainda vaga nos espaços".